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Sie wurde im 16. Jahrhundert der rudolfinischen Prag gebaut und die Finanzierung übernahm Mordechai Maisel, ein reicher Geschäftsmann, der angeblich Verbindungen auf den Kaiser Rudolf II. hatte. Maisel war einer der anerkannten Männer in seiner Zeit und später wurde er Bürgermeister der Prager Judenstadt. Heute befindet sich in der Synagoge eine permanente Ausstellung von jüdischen religiösen Sachen und Ornamenten.